Con il governo napoleonico dei primi anni dell'Ottocento, il principale teatro lucchese fu denominato Nazionale: oltre alle consuete rappresentazioni operistiche e di prosa, qui si svolsero feste, veglie, balli, ma anche eventi di rilevanza politica come ad esempio la prima proclamazione ufficiale della Repubblica Francese, nel 1799. Dopo una breve chiusura per inagibilità e la conseguente ristrutturazione, esso visse poi un periodo di grande splendore durante il ducato dei Borboni e assunse l'attuale nome di Teatro del Giglio.
La duchessa Maria Luisa e il figlio Ludovico furono grandi sostenitori dell'attività del Teatro del Giglio, il quale (grazie anche all'opera dell'impresario Alessandro Lanari e del sovrintendente Antonio Mazzarosa) vide la propria fama salire in quegli anni al punto da essere considerato alla stregua dei maggiori teatri italiani.
Le assolute protagoniste dei cartelloni della lirica nel XIX secolo furono le opere dei principali maestri italiani, che assecondavano sempre con successo il gusto tipico del pubblico dell'epoca. Il Teatro del Giglio fu in diverse occasioni destinato ad allestimenti in prima assoluta, tra cui assunse particolare rilievo la rappresentazione, nel 1831, del "Guglielmo Tell" di Gioachino Rossini, nella versione italiana, con la presenza del cantante Gilbert Louis Duprez: fu proprio nell'occasione lucchese che il noto tenore parigino, per risolvere un passaggio vocale nella parte finale della grande aria di Arnoldo, escogitò l'utilizzo del cosiddetto «do di petto».
Altri celebri cantanti calcarono in quei decenni le scene del Teatro del Giglio, come Maria Malibran, Giuseppina Strepponi e il tenore Nicola Tacchinardi. Per tutto l'Ottocento, dunque, il principale teatro lucchese ebbe modo di ospitare le migliori compagnie italiane e i nomi più celebri del tempo, all'interno di allestimenti che per numero e qualità in certi casi potevano competere con quelli del resto d'Italia ed Europa.