Le più antiche notizie che testimoniano l’esistenza di scuole musicali in Lucca sono reperibili in fonti del Secolo VII; l’insegnamento della musica venne in seguito sempre considerato di primaria importanza e indispensabile per la continuità della tradizione musicale, in una città dove l’arte dei suoni ha goduto sempre di un notevole spazio e che ha dato i natali a musicisti di fama internazionale.
L’attuale Istituto Superiore di Studi Musicali Luigi Boccherini ebbe origine il 14 agosto 1842 quando il Duca Carlo Ludovico di Borbone emanò un decreto con il quale riordinava, in base ad un regolamento unitario, le scuole musicali pubbliche; nacque così l’Istituto Musicale la cui direzione venne affidata a Giovanni Pacini.
Nel 1872, dopo la morte di questo musicista, la scuola prese il suo nome divenendo Istituto Giovanni Pacini sotto la direzione di Fortunato Magi che diresse in seguito anche il Liceo Musicale Benedetto Marcello di Venezia.
Nel settembre 1924, sotto la direzione di Gaetano Luporini, l’Istituto Musicale ottenne il pareggiamento ai Conservatori di Stato; in occasione del secondo centenario della nascita di Luigi Boccherini – 19 febbraio 1943 – l’Istituto cambiò il nome assumendo quello del famoso musicista.
Nel 1999 l’Amministrazione Comunale, trasformando la scuola in Istituzione del Comune di Lucca, ne ha di fatto avviato un processo di autonomia che si è concluso con l’adozione dello Statuto ai sensi della legge 508/99 e del DPR 132/2003.